Pada periode 2000-2005, ia dipercaya menjabat sebagai Rais Syuriyah PCNU Surabaya.
Kariernya kemudian berlanjut di tingkat wilayah. Miftachul dipercaya menjadi Rais Syuriyah PWNU Jawa Timur selama dua periode, yakni 2007-2013 dan 2013-2018.
Pengalaman panjang tersebut menjadi bagian dari perjalanan Miftachul hingga kemudian dipercaya menduduki posisi penting di tingkat PBNU.
Kembali terpilihnya Miftachul Akhyar sebagai Rais Aam PBNU untuk periode 2026-2031 menandai keberlanjutan kepemimpinannya di jajaran tertinggi Syuriyah NU.
Penetapan tersebut menjadi salah satu keputusan penting dalam rangkaian Muktamar ke-35 NU di Jombang, yang juga menetapkan kepemimpinan baru PBNU untuk masa khidmat 2026-2031.
