Sejak awal, besarnya anggaran program tersebut menuai kritik dari sejumlah kalangan karena dinilai menyerap hampir sepertiga dari alokasi anggaran pendidikan yang minimal sebesar 20 persen dari total APBN.
Sejumlah ekonom menilai pemangkasan anggaran MBG dapat menjadi solusi menjaga stabilitas fiskal, terutama di tengah tekanan ekonomi global akibat konflik geopolitik serta gejolak pasar keuangan.
Selain itu, sejumlah mahasiswa, guru honorer, dan yayasan pendidikan juga mengajukan uji materi terhadap Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2025 tentang APBN 2026 ke Mahkamah Konstitusi Republik Indonesia.
Mereka menuntut agar pos anggaran pendidikan benar-benar diperuntukkan bagi fungsi inti pendidikan sesuai ketentuan dalam Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional serta Peraturan Pemerintah Nomor 48 Tahun 2008 tentang Pendanaan Pendidikan.